Lo scisma di Vittore
Dopo la morte di Adriano ci fu un nuovo scisma a causa di una doppia elezione: Vittorio IV e Alessandro III
Le proteste del papa contro l'usurpatore di diritti che erano propri della Chiesa non ebbero effetto. E poco prima della sua morte, avvenuta ad Anagni nel settembre 1159, Adriano fu sul punto di scomunicare l'imperatore.
L'elezione del successore, che avveniva in una situazione politica tesa e incerta, fu all'insegna del dissidio. Il papa morente aveva designato il card. Bernardo; una minoranza, di tendenza imperiale, elesse il card. Ottaviano Monticelli dei conti di Tuscolo, che prese il nome di Vittore IV (1159-64); mentre la maggioranza dei cardinali elesse il card. Rolando Bandinelli, che prese il nome di Alessandro III (1159-81).
In favore di Alressandro III scrissero all'imperatore ventidue cardinali, mentre al card. Ottaviano rimasero solo quattro cardinali. Il diritto era dalla parte di quest'ultimo; ma Vittore si proclamò papa legittimo e, grazie all'appoggio dei rappresentanti dell'imperatore, costrinse Alessandro III ad abbandonare Roma.
Trattandosi di una duplice elezione, Barbarossa decise di rimettere la questione ad un concilio appositamente convocato a Pavia il 5 febbario 1160. Vi parteciparono appena 50 vescovi tedeschi e dell'Italia settentrionale i quali riconobbero Vittore IV, presente di persona e dichiarano invalida l'elezione di Alessandro III (semplicemente detto cancelliere Rolando), il quale rispose scomunicando da Anagni il 24 marzo 1160 Federico I e rinnovando la sanzione contro l'antipapa.
Dalla parte di Vittore, oltre il partito imperiale, si schierarono inizialmente i cistercensi e i cluniacensi. Alessandro III, da parte sua, seppe giovarsi della crescente opposizione a Federico I dei Comuni lombardi, capeggiati da Milano che, da un anno, resisteva all'assedio imposto dall'imperatore.
Di nuovo uno scisma divideva il mondo cristiano e fra papato e impero scoppiò una lotta funesta durata 17 anni.
Alessandro III era entrato a Roma nel giugno 1160, ma dopo la caduta di Milano dovette ritirarsi in Francia -rifugio tradizionale dei pontefici- e vi rimase tre anni e mezzo (1162-65). Luigi VII, re di Francia, per le pressioni esercitate su di lui dall'imperatore, inizialmente non prese posizione, poi si mise dalla parte di Alessandro; lo seguì il re d'Inghilterra Enrico II.
Nel concilio, tenuto nel maggio 1163 a Tours e presieduto da Alesandro III -presenti 17 cardinali, 180 vescovi e 400 abati- furono emanati canoni disciplinari per il clero e i religiosi e furono prese misure disciplinari contro il diffondersi dell'eresia nella regione di Tolosa. Inoltre vennero condannate le ordinazioni fatte dall'antipapa e dai suoi seguaci. Questa grande assise giovò alla causa di Alessandro III, che appariva come il vero papa.
Dopo la morte di Vittore IV (aprile 1164), il cancelliere imperiale, Rainaldo di Dassel, membro del clero e abile statista, fece eleggere un nuovo antipapa nella persona del card. Guido di Crema, che prese il nome di Pasquale III (1164-68). Quindi, nella dieta tenuta a Wübzburg, nella Pentecoste del 1165, l'imperatore si impegnò, insieme ai presenti, a ripudiare per sempre lo scismatico Rolando e mantenersi fedele a Pasquale III.
Fu allora che Barbarossa pensò di vincere la resistenza di Germania ricorrendo all'espediente di riesumare i resti mortali di Carlo Magno in Aquisgrana, facendolo proclamare santo dall'arcivescovo Rinaldo di Colonia, con il consenso di Pasquale III (dicembre 1165); ma non riuscì a suscitare nell'opinione pubblica il consenso che desiderava. Quindi il sovrano tedesco si preparò ad una nuova spedizione in Italia per installare a Roma l'antipapa e debellare gli avversari.
La situazione era sfavorevole per Alesandro III, poichè gli era venuto meno l'appoggio di Enrico II, che era entrato in conflitto con l'arcivescovo Tommaso Becket di Cantebury, già suo cancelliere.
Questi, da arcivescovo, si era comportato come fervido sostenitore dei diritti della Chiesa e aveva rifiutato un documento, stilato dall'assemblea dei vescovi del regno, tenuta a Clarendon nel gennaio 1164: erano delle costituzioni che facevano del sovrano l'arbitro delle elezioni episcopali e restringevano notevolmente l'autorità della Santa Sede in Inghilterra.
Tommaso Becket, dopo essersi appellato al papa, fuggì in Francia dove si trovava Alessandro III (1164) il quale condannò le costituzioni di Clarendon. In seguito Tommaso si riconciliò con Enrico II e nel 1170 pote' tornare a Canterbury, ma fu vittima di quattro cavalieri del re che lo uccisero in cattedrale, il 29 dicembre di quell'anno.
Il popolo lo venerò subito come martire e tre anni dopo (2/2/1173) Alessandro III lo canonizzò. Il suo sepolcro divenne meta di pellegrinaggi e il suo culto si diffuse subito in Francia e in Italia.
Alessandro III, da Sens, dove si trovava con la curia, decise di tornare a Roma. Lo fece via mare. Si imbarcò nel 1165, ma per l'ostilità dei Pisani, alleati del Barbarossa, dovette andare a Messina. Da qui risalì a Roma, dove entrò nel 1165 ricevuto con gran solennità dal senato e dal popolo. Ma incalzato da Barbarossa, Alessandro III dovette fuggire a Benevento.
Federico Barbarossa era venuto in Italia, per la quarta volta (1166-68), all'indomani della morte di Guglielmo di Sicilia (+1166) il quale, fino ad allora, era stato il principale appoggio del papa. Giunto a Roma l'imperatore fece intronizzare in S. Pietro il suo papa e si fece di nuovo incoronare da lui, insieme alla consorte Beatrice di Borgogna (1 agosto 1167). Improvvisamente però scoppiò una epidemia malarica che falciò più di 2.000 cavalieri e costrinse Barbarossa a ritirarsi a Pavia e da lì a tornare in Germania, per la rivolta delle città lombarde, che avevano costituito la Lega Lombarda, cui avevano aderito 22 città.