Contesa tra papato e impero
Da parte sua Gregorio IX aveva predicato e organizzato una crociata contro Federico II
Una spedizione di soldati papali, denominati clavigeri (clave-signati), guidata da Giovanni di Brienne, aveva invaso la Sicilia.
Anche in Germania ci fu una rivolta capeggiata da Luigi di Baviera e i principi pensavano di eleggere un nuovo imperatore.
Allora Fedrico II affrettò il suo rientro e, sbarcato a Brindisi il 10 giugno 1229, riconquistò in quattro mesi quasi tutto il regno. Finché, nell'estate del 1230, grazie alla mediazione di Ermanno di Salza, maestro supremo dell'Ordine Teutonico, si giunse alla pace di S. Germano-Ceprano. L'imperatore ottenne l'assoluzione dalla scomunica, ma dovette restituire i territori occupati, riconoscere il dominio papale nella Marca e a Spoleto, promettere alla Curia il risarcimento integrale dei danni e fare diverse concessioni in materia ecclesiastica in Sicilia.
Seguì un periodo di pace che Federico II dedicò all'ordinamento del suo impero. Trasformò così la Sicilia in uno stato fortemente centralizzato con un governo assoluto retto da funzionari statali; in Germania soffocò (1235) la ribellione del figlio Enrico VII e si rivolse quindi contro le città lombarde, sconfiggendo la lega lombarda a Cortenuova, presso Bergamo (novembre 1237).
Intimorito dai successi imperiali e dalla spregiudicatezza della politica di Federico, che aspirava a fare di Roma la capitale del suo impero, Gregorio IX gli lanciò di nuovo la scomunica (24 marzo 1239) che Federico II interpretò come dichiarazione di guerra.
Di tutta risposta l'imperatore, tra il marzo-aprile 1239, diffuse lettere-manifesti in cui sollecitava i cardinali a porsi contro il papa, insinuando un loro diritto al governo della Chiesa. Veniva proposto un concilio convocato non già dal papa, bollato come il gran drago e l'anticristo della fine del mondo, ma dai cardinali e con la partecipazione dei principi cristiani. Gregorio IX rispose con il manifesto, del 20 giugno 1239, in cui presentava l'imperatore come bestia dell'Apocalisse, precursore dell'anticristo, miscredente che osava parlare di Mosé di Cristo e di Maometto, come di tre impostori.
Quindi, dalle parole, Federico II passò ai fatti e occupò regioni dello Stato pontificio, Marca, Ravenna e Ducato di Spoleto, cercando anche di guadagnarsi i Romani.
Papa Gregorio IX, da parte sua, bandì nel 1240 una crociata contro l'imperatore, convocò un concilio a Roma per la pasqua dell'anno prossimo, indusse quindi i Veneziani a sferrare un attacco in Puglie e, mediante il suo legato in Germania Alberto di Behaim, provocò l'elezione di un nuovo re di Germania.
Quest'ultima operazione non ebbe però successo poiché i principi laici ed ecclesiastici, nonostante la scomunica, si mantennero fedeli all'imperatore. Mentre il concilio fu ostacolato da Federico II che fece assalire alla Meloria -all'altezza di Livorno- la flotta genovese che trasportava prelati per il concilio romano, facendo prigionieri tre cardinali legati e più di cento prelati (3 maggio 1241).
Dopo questo successo Federico marciò su Roma, con il proposito di impadronirsi dello stesso pontefice. Ai primi di agosto era giunto a Tivoli. Gregorio IX intavolò allora trattative che però non riuscirono. Di lì a poco il vecchio papa, vinto dalla febbre, morì. Era il 22 agosto 1241.
Alla morte del pontefice fece seguito una sospensione della lotta. Federico II si ritirò in Sicilia, portando con sé prigionieri due cardinali; mentre a succedere a Gregorio IX i cardinali -dieci in tutto, essendo gli altri due prigionieri di Federico II- furono costretti ad eleggere -su pressione dei Romani, mentre era senatore Matteo Rosso Orsini- il vecchio Celestino IV, milanese, il quale però morì dopo 17 giorni di pontificato (novembre 1241). Per la sua elezione i cardinali si erano per la prima volta isolati totalmente dal mondo circostante (il cosidetto conclave).
Dopo la morte di Celestino IV la cattedra pontificia rimase vacante quasi 20 mesi finché fu eletto il card. Sinibaldo Fieschi di Genova, col nome di Innocenzo IV (1243-54), eminente canonista e abile diplomatico. Egli chiese subito all'imperatore che si tenesse il concilio convocato da Gregorio IX per giudicarlo e si mostrò deciso nel rivendicare la restituzione dei territori della Chiesa occupati e l'amnistia per i Lombardi.
I legati di Federico sottoscrissero il 31 marzo 1244 una convenzione con Innocenzo IV, promettendo, da parte dell'imperatore, che avrebbe riconosciuta la scomunica e si sarebbe sottomesso alla Chiesa. Ma non ci fu accordo sulla questione più scottante, quella della Lega lombarda. Si era fissato un incontro tra papa e imperatore a Narni, ma Innocenzo IV, temendo un agguato, giunto a Sutri, fuggì a Civitavecchia da cui andò a Genova e da lì a Lione dove fissò stabilmente la sua dimora.